スコットランドの医学校を卒業したニコラス・ギャリガン（ジェームズ・マカヴォイ）は、自分の技術を本当に困っている人々のために役立てたいという志を胸に、ウガンダのムガンボ村にある診療所で働く道を選んだ。時は、1971年。軍事クーデターによってオボテ政権が倒れ、イギリスの支援を受けたイディ・アミン（フォレスト・ウィテカー）が、新しくウガンダの大統領の座についた直後のことだ。
　元ヘビー級ボクシングのチャンピオンであり、軍隊のヒーローでもあるアミンは、国民の支持と期待を一身に集める希望の星だった。そんな彼が、診療所の近くで演説すると聞き、興味を抱いて出かけて行くニコラス。「私の政権は言葉だけでなく行動する。力をあわせてこの国をもっと良くしよう」と熱弁をふるうアミンのカリスマ性に、ニコラスは、集まった多くの民衆と同様に強く惹きつけられるのを感じる。
　そんなニコラスとアミンの運命がひとつに交わる出来事が、演説会の直後に起こった。帰りの車で農耕用の牛と接触し、捻挫を負ったアミンの手当を、たまたまニコラスが担当することになったのだ。捻挫の治療を終えたあと、苦しんでうめき声をあげている牛を素早く射殺したニコラスの大胆さに、感銘を受けるアミン。さらに、かねてからスコットランドに傾倒していた彼は、ニコラスがスコットランド人だと知ると、うれしそうにＴシャツの交換を申し出た。そのアミンの気さくさに、ニコラスはますます好印象を抱いた。
　後日、大臣のワッサワ（ステファン・ルワンギェジ）の迎えで首都カンパラを訪れたニコラスは、アミンから直々に「主治医になってくれ」と頼まれる。「ムガンボの診療所と契約がある」と言って、いったんはその申し出をことわったニコラスだが、先輩医師の妻サラ（ジリアン・アンダーソン）と危うい関係になりかけていたことも手伝って、思案のすえに大統領と彼の家族の主治医になることを引き受けた。
　こうして始まったカンパラでの生活。たちまちアミンに気に入られたニコラスは、アミンの代理で重要な会議に出席するなど、主治医以上の仕事を任されるようになる。また、医者としては、アミンの第２夫人ケイ（ケリー・ワシントン）の息子の命を救い、アミンから感謝の印としてベンツのスポーツカーを贈られた。そうした贅沢三昧の生活に後ろめたさを感じることもあるニコラスだったが、「人々の役に立つ」という当初の目的を、アミンをサポートする形で果たしていると、彼は自分に言い聞かせていた。

　そんなある日、アミンがオボテ派の襲撃にあい、あやうく命を落としかける事件が起こる。スケジュールが外部に漏れている可能性が高いことから、「身近に裏切り者がいる」と激怒するアミン。疑心暗鬼にかられた彼は、粛正の動きを加速させる一方で、信頼を寄せるニコラスへの依存度を強めていく。そんなアミンの期待に応えようと、ニコラスは、ワッサワの不審な動きをアミンに報告し、調査したほうがいいと忠告する。
　その一言がワッサワに対する死刑宣告になってしまったことを、ニコラスは、イギリス人の高等弁務官ストーン（サイモン・マクバーニー）から知らされることになった。ワッサワの行動が、実は製薬会社との商談にすぎなかったと知って、深い自責と後悔にかられるニコラス。同時に、疑惑だけで人を消していくアミンの残虐なやり方に気づいたニコラスは、主治医の職を辞して故郷に帰りたいとアミンに申し出た。だが、時すでに遅し。「新生ウガンダの建国に手を貸すと宣誓した」と言ってニコラスの辞任を拒絶したアミンは、ワッサワの件を盾に取り、「君が彼を殺した」と、逆にニコラスに脅しをかける。
　いま初めてアミンの本当の姿に気づき、呆然とするニコラス。その恐怖を、彼は、自分と同じ籠の鳥の運命に泣くケイに打ち明け、激情に流されるままベッドを共にした。それでますます危うい立場に立たされたニコラスに、ケイは、「状況は最悪よ。ここから逃げて」と、警告を発する。
　しかし、アミンの部下にイギリスのパスポートを没収されたニコラスには、もはや国外に脱出する術がなかった。切羽詰まった彼は、ストーンに助けを求めるが、かつてストーンの頼みをニコラスが無視したことを理由に協力を断られてしまう。「脱出の切符は自分で稼げ」――ストーンのそのひとことは、自由になるためにはアミンを暗殺するしかないことを、ニコラスに告げていた。
　いよいよ独裁者の正体を露わにし始めたアミンは、全アジア人の追放政策を発表。これに対し、ニコラスは、「アジア人がウガンダの経済を支えている」と反論するが、アミンはまったく聞く耳を持たない。しかし、欧米の新聞に非難の記事が掲載されるや、アミンの態度は一変。今度は「私の政策を止めなかった」と言って、ニコラスを責め立てる。その気まぐれな態度に怯えながらも、ニコラスは、外国人記者向けの会見を開くべきだとアミンに提案。自分の存在価値を示し、粛正の標的にされるのを免れる。
　そんな中で起こった新たな悲劇。ニコラスの子供を妊娠したケイが、秘密裏に堕胎しようとして失敗。不貞が発覚したことから、残酷な処刑の犠牲者になってしまったのだ。ケイの不倫相手がニコラスであると知れるのは、もはや時間の問題だった。覚悟を決め、アミンに毒入りの頭痛薬を渡すニコラス。そのとき、パレスチナ人テロリストにハイジャックされたエア・フランスの飛行機が、ウガンダのエンテベ空港に着陸したとの知らせが届く。アミンに同行を命じられたニコラスは、同じ車で空港へと向かうのだが……。