時は1899年。ロンドンの中心部にある英国銀行が謎の軍団によって襲撃された。その軍団は鉄仮面のリーダー“ファントム”を筆頭に超近代兵器で武装し、金塊や札束や宝石類には手をつけず、古い海上都市の設計図面だけを盗んでいった。英国政府は、アフリカで悠々自適の生活を送る伝説の冒険家アラン・クォーターメインのもとに使者を送り、世界大戦の勃発を防ぐため、ユニークで超人的な能力をもつチームのリーダーになることを依頼。対岸の火事でないことを身をもって悟ったクォーターメインはロンドンヘ向かう。秘密会議の席上、軍事情報部の“M”と名のる男は、ヨーロッパ国家間のテロ行為の黒幕が、“ファントム”であることを説明し、間もなくベニスで開かれるヨーロッパ列強による極秘の和平会議の妨害を阻止するよう命じる。かくしてクォーターメイン以下、潜水艦ノーチラス号のネモ船長、透明人間のスキナー、半吸血鬼のミナが集まり、“ザ・リーグ”が結成される。さらにロンドンで不死身の男ドリアン・グレイと、“ファントム”の兵士として潜入捜査していたアメリカの諜報員トム・ソーヤー、パリに潜伏していたジキル＆ハイドを仲間に加え、7人チームとなった“ザ・リーグ”は、“ファントム”の野望を阻むため、世界を股にかけた戦いの旅に出るのであった……。
